一、西医

鉴于支原体缺乏细胞壁，故作用于细胞壁的抗生素，如beta-内酰胺类抗生素均无效，如青霉素类及头孢菌素类均不可采用，氨基糖甙类在体外虽有作用，但尚无体内应用的系统报告。

肺炎支原体感染乃采用四环素及红霉素。阿齐霉素优于红霉素。奎诺酮类中的环丙沙星及洛莫沙星均有效。约10%脲解支原体对四环素耐药，大多病人四环素及红霉素仍有效。

二、中医

支原体感染泌尿生殖道后，患者在急性期的表现症状与其他非淋病性泌尿生殖系统感染相似，主要表现为尿道刺痛，不同程度的尿频、尿急，尿道口轻度红肿等。支原体的潜伏期为1-3周，在这期间患者或无明显症状表现。也是在潜伏期里，因没有察觉导致夫妻间互相感染的概率比较大，因此在治疗上最好的遵循夫妻同治的原则。

支原体感染治疗的关键是杀灭支原体病毒，这点西医往往会采用抗生素进行抗菌治疗，但是抗生素的耐药性和抗药性也会使得疾病久治不愈或是反复发作。中药在治疗上，主要是采用清热解毒的药物，然后根据患者表现出来的症状，再配合一些活血化瘀和健脾利湿、利尿通淋的药物，进行全面治疗。