对有长期服用肠溶性非甾体类固醇药或肠溶性氯化钾片者，应暂时停用。如原有疾病需要服药者，可在本病治愈后改换其他药物或其他剂型。动物实验证明，前列腺素类似物，如米索前列醇等，能有效防治非甾体类固醇引起的胃肠黏膜损伤。理论上讲，也可用于本病的治疗，但其临床疗效如何，仍有待累积大量病例资料。甲硝唑也被推荐用于本病，这是基于该药能杀灭厌氧菌及其他小肠致病菌。目前尚无证据能说明肾上腺糖皮素激素能有效治疗本病。一旦出现肠梗阻或肠穿孔，应急诊手术治疗。消化道出血内科治疗无效，可行紧急血管造影确定出血部位。行局部药物灌注或栓塞。仍出血不止者，可行手术治疗。术式以病变肠段切除加小肠端端吻合术为主。

空肠弯曲菌性肠炎空肠弯曲菌引起轻症与病毒性肠炎相似，重症与溃疡性结肠炎或克罗恩病相似，有发热，腹泻水样或黏液样便，有恶臭，呈胆汁色，重症有脓血便，似菌痢多在1周恢复，儿童患者常有腹绞痛，高热时可发生惊厥，发病多与接触家禽，家畜或饮用未消毒牛奶，生水有关，暗视野镜检可发现射箭样活泼动力的弯曲菌，细菌培养进一步诊断。

耶尔森菌肠炎多见于儿童发病，与食物，水污染有关，腹痛，腹泻，低热，呈水样便，可有败血症，可并发结节性红斑，假性阑尾炎，关节炎，细菌培养可进一步鉴别。

其他应注意与贾第鞭毛虫，阿米巴痢疾引起的腹泻鉴别，粪便镜检可发现阿米巴原虫或贾第鞭毛虫。